自动化系设置自动化和测控技术与仪器两个本科专业，分属于控制科学与工程学科和仪器科学与技术学科。具有控制理论与控制工程二级学科博士点和控制科学与工程一级学科学术学位硕士点(含有五个二级学科硕士点)，控制工程专业学位硕士点。控制理论与控制工程学科为山东省重点学科。

自动化专业：成立于1959年，现招生规模为4个班,其中设置1个班的自动化创新拔尖人才班。本专业“立足石油、面向社会”，以石油化工生产过程自动化为特色, 突出石油工业下游产业的自动化技术，培养既懂石油石化生产工艺，又懂自动化技术、仪器仪表技术和计算机技术的“复合型”高级工程技术及管理人才。2008年，自动化专业经教育部批准为国家特色建设专业。

测控技术与仪器专业：成立于2005年，现招生规模为3个班。本专业“立足石油、面向社会”，在满足通用测控技术要求的基础上，以石油化工生产过程测控技术为特色，突出石油工业上游产业的测控技术，培养既懂石油石化生产工艺，又懂测控系统及仪器相关领域的科学研究、设计开发、运营维护和生产管理的“复合型”高级工程技术及管理人才。

科学研究领域：主要包括流程工业先进控制与实时优化、生产过程模型化与仿真技术、生产过程的故障检测与诊断、最优控制理论、智能控制理论、多相流检测技术、随钻测控技术、井下测控仪器开发、油气田计算机测控技术等研究方向。

自动化系目前教师33人，其中教授7人(博导3人)，副教授14人,教师中拥有博士学位者27人。聘有国外知名大学客座教授2名，国内企业客座教授3名。

经过50多年的发展历程和几代人的艰苦努力，自动化专业建设、科学研究、人才培养等方面均取得了很大的成就。拥有一批具有国内先进水平的教学实验与科研设备，建有过程控制系统实验室、油气生产自动化系统实验室、计算机控制与仿真实验室、控制仪表实验室、检测技术实验室、传感技术实验室、智能仪表开发实验室等实验室，还开设有学生创新实验室。近十年，承担并完成了国家自然科学基金、863、973等省部级以上科研项目30余项；发表被三大检索机构检索的高水平学术论文200多篇，其中SCI收录40多篇、EI收录100多篇。

四十多年来为我国石油工业培养了3千余名的高质量专业人才，他们以作风朴实严谨、基础扎实、业务能力强而著称，深受用人单位的好评，成为企事业单位生产、管理、科研等方面的核心骨干力量。